Guðjón Arnar Kristjánsson fæddist á Ísafirði þann 5. júlí 1944.
Foreldrar hans voru Kristján Sigmundur Guðjónsson smiður, f. 17. nóvember 1911, d. 22. desember 1989, og kona hans Jóhanna Jakobsdóttir húsmóðir, f. 16. október 1913, d. 9. desember 1999.
Systkini: Jóna Valgerður, Þrúður, Fjóla, Laufey, Freyja, Matthildur, Jakob og Anna Karen.
Guðjón Arnar giftist Björgu Hauksdóttur, f. 24. janúar 1941, d. 25. nóvember 1999. Þau skildu.
Þainn 31. mars 1989 giftist Guðjón Arnar Maríönnu Barböru Kristjánsson, f. 7. október 1960. Foreldrar hennar eru Theofil Kordek og kona hans Stanislawa Kordek.
Dóttir Guðjóns og Ástu Ingimarsdóttur er Guðrún Ásta, f. 1963. Dóttir Guðjóns og Ingigerðar Friðriksdóttur er Ingibjörg Guðrún, f. 1966.
Synir Guðjóns og Bjargar eru: Kristján Andri, f. 1967, Kolbeinn Már, f. 1971, og Arnar Bergur, f. 1979.
Börn Guðjóns og Maríönnu (kjörbörn, börn Maríönnu) eru Margrét María, f. 1979, og Jerzy Brjánn, f. 1981.
Guðjón Arnar stundaði stýrimannanám á Ísafirði 1964-1965 og tók fiskimannapróf frá Stýrimannaskólanum í Reykjavík 1966. Hann var háseti, matsveinn og vélstjóri frá 1959, stýrimaður 1965 og skipstjóri 1967-1997.
Guðjón Arnar var formaður Skipstjóra- og stýrimannafélagsins Bylgjunnar 1975-1984 og forseti Farmanna- og fiskimannasambands Íslands 1983-1999.
Guðjón sat í Verðlagsráði sjávarútvegsins, Starfsgreinaráði sjávarútvegsins, stjórn Fiskveiðasjóðs, skólanefnd Stýrimannaskólans, í stjórn Fiskifélags Íslands og stjórn Slysavarnaskóla sjómanna. Þá var hann varafiskimálastjóri og sat í stjórn Farmanna- og fiskimannasambands Íslands 1979-1999 og stjórnarskrárnefnd 2005-2007.
Guðjón Arnar var varaþingmaður Vestfirðinga október 1991, desember 1991 til febrúar 1992, desember 1992 til mars 1993, apríl-maí 1993, mars-apríl og október-nóvember 1994, júní 1995 (Sjálfstæðisflokkurinn).
Hann var alþingismaður Vestfirðinga 1999-2003 og alþingismaður Norðvesturkjördæmis 2003-2009 (Frjálslyndi flokkurinn).
Guðjón var formaður Frjálslynda flokksins 2003-2010 og formaður þingflokks Frjálslynda flokksins 1999-2004.
Guðjón Arnar Kristjánsson lést þann 17. mars 2018.
Útför Guðjóns fór fram frá Hallgrímskirkju þann 5. apríl 2018.
