Ýmiss konar útgerð hefur verið stunduð í Jökulfjörðum á undanförnum áratugum. Rækjuveiðar voru stundaðar fram til 2003 þegar hrun varð í stofnunum og allar veiðar stöðvaðar til 2011.
Reimar Vilmundarson, skipstjóri Bolungavík var á rækjuveiðum í Jökulfjörðum frá 1989 til 2003 og að hans sögn voru veiðarnar stundaðar í Lónafirði, Veiðileysufirði vel innfyrir Marðareyri og Hrafnfirði inn að Skipeyri.
Línuveiðar hafa verið stundaðar í Jökulfjörðum síðustu ár, 1999-2010 og ýsuveiði verið um alla Jökulfjörðu. Þá minnist Reimar þess að veidd hafi verið síld á nótaskipum um 2010 allt að 1000 tonn í heildina. „Ég lagði grásleppunet í 2 ár fyrir innan Gathamarinn sem er innan við Maríuhornið í Grunnavík.“
Smokkfiskur veiddist í Jökulfjörðum, líklega síðast 1984.
Í tillögu svæðisráðs að strandsvæðaskipulagi fyrir Vestfirði er lagt til að svæðið líti svona út hvað varðar nýtingu:
Grænt þýðir að svæðið er merkt umhverfi og náttúra. Því er lýst svona í tillögunni:
„Svæðið afmarkast af Grænuhlíð og Bjarnarnúp og liggur að Hornstrandarfriðlandinu en verndargildi þess felst einkum í hversu afskekkt það er og lítið mótað af umsvifum og ágangi manna. Miklar náttúruminjar og menningarminjar eru innan friðlandsins. Svæðið er hverfisverndað í Aðalskipulagi Ísafjarðarbæjar 2008 – 2020. Jökulfirðir eru
mikilvægt fuglasvæði vegna straumandar. Grænahlíð og Vébjarnarnúpur eru mikilvæg fuglasvæði vegna sjófuglabyggðar. Víða eru að finna leirur innan skipulagssvæðisins sem njóta verndar skv. 61. gr. náttúruverndarlaga auk birkis á aðliggjandi landi.
Á svæðinu er ekki föst búseta og lítil umsvif manna. Það er ekki vegtengt og því einungis hægt að komast þangað sjóleiðina. Veiðar eru stundaðar meðfram suðurströnd fjarðarins og frá Hesteyrarfirði og út fjörðinn. Mikil ferðamennska er stunduð á svæðinu, þ.m.t. skemmtisiglingar og kajakróður. Þekkt er að skemmtiferðaskip fari inn í Jökulfirði og einnig innfirðina Hesteyrarfjörð og Veiðileysufjörð.“
Það var borið undir Hrafnkel Ásólf Proppe, fulltrúa Skipulagsstofnunar hvort tillaga svæðisráðs takmarkaði eða bannaði að einhverju leyti þá nýtingu í Jökulfjörðum sem þekkt er. Hann svaraði því til að flokkurinn náttúra og umhverfi gerði ekki ráð fyrir fiskeldi eða annarri staðbundinni nýtingu, en engu að síður yrðu áfram leyfðar veiðar sem hefðu verið stundaðar í Jökulfjörðum.
Niðurstaðan er því að það sem hefur verið gert verður leyft en fiskeldi verður bannað.
