Flatey hefur verið kirkjustaður frá fornu fari og sá eini á Breiðafjarðareyjum sem vitað er um.
Munkaklaustur var í Flatey á 12. öld, síðar var það flutt að Helgarfelli á Snæfellsnesi. Talið er að klaustrið hafi staðið austan við Klausturhóla.
Núverandi kirkja er steinsteypt, hún var vígð árið 1926 og er opin yfir sumartímann.
Hún tók við af eldri timburkirkju sem stóð í kirkjugarðinum.
Kirkjan er skreytt loftmyndum og altaristöflu eftir Baltasar Samper og Kristjönu Samper konu hans. Myndefnið er sótt í eyjabúskapinn og mannlíf á vestur Breiðafirði. Á altaristöflunni má m.a. sjá Jesú í lopapeysu með bryggjuna í Flatey í baksýn.
Söfnuður kirkjunnar var áður stór en í dag er hann mjög fámennur. Söfnunarbaukur er í anddyri kirkjunnar og er því fé sem safnast varið í viðhald á kirkjunni, þitt framlag skiptir máli.
Vinsamlegast gangið vel um kirkjuna.
